根据2012年11月颁布的欧盟法规1012/2012要求，2013年3月1日后抵达欧盟的水产品须使用新版卫生证书。这是欧盟继2006年、2008年两次修改证书格式后对输欧水产品卫生证书做出的又一次修改和补充。相关出口企业应提前做好准备，确保输欧水产品的稳定出口。
与目前使用的证书相比，此次改版主要调整了以下内容：一是鉴于之前的欧盟指令已经不再把流行性溃疡综合症（EUS）列为外来疾病，为保证欧盟法律的一致性，证书中涉及流行性溃疡综合症的相关条目被删除；二是调整了HS编码适用范围，增加0308, 05.11, 1516, 1518和 2106等条目，涉及水生无脊椎动物、动物源性的浓缩蛋白质及人造蛋白、动物源性的油脂、非食用动物产品等多个种类的产品；三是修改了部分表述方式，停止使用已被废止的组织名称“欧洲共同体(Community)”而改为使用“欧洲联盟（Union）”，使得证书更加规范和准确。 根据新法规要求，2013年3月1日及以后抵达欧盟的输欧水产品须使用新版卫生证书，在此之前的过渡期内仍可使用旧版证书。
欧盟对进口水产品的管理相当严格，不但要求出口国的加工企业和捕捞加工船必须通过欧盟的考核并获得注册，同时还要求每一批进入欧盟的产品需随附出口国官方出具的欧盟规定格式的卫生证书。宁波是水产品出口大市，2012年全市水产品出口约13万吨，出口额达5亿美元，其中输往欧盟的水产品达1.1万吨，货值逾4千万美元。为降低输欧水产品的出口风险，确保输欧水产品及时顺利通关，检验检疫部门提醒各有关企业：应按照新版证书的要求，提前到检验检疫部门做好输欧水产品的检验和出证工作。同时，要严格按欧盟新规要求组织生产管理，建立和完善质量卫生安全保证体系，确保水产品生产全过程的卫生控制与管理符合欧盟要求。此外，对于已签证出口且预计于今年3月1日之后抵欧的水产品，可在有效期内凭现有卫生证书换发新证。