2013年7月9日至7月18日，科技部会同发展改革委、财政部先后5次召开会议，对数控机床、宽带移动通信、水污染治理、集成电路、转基因等5个重大专项2014年度计划进行综合平衡。
按照国家科技重大专项2013年度工作计划安排，这些专项陆续完成了2014年度拟新立项课题的组织遴选工作，并制定了在研课题2014年度执行计划，在此基础上编制了各自专项的2014年度计划，经领导小组审议后报三部门综合平衡。收到各专项年度计划后，科技部、发展改革委、财政部抓紧从与实施方案的相符性，与前期项目、科技计划项目和国家重大工程的衔接等方面进行分析研究，分别提出具体意见。
在此基础上，三部门联合召开综合平衡会议，在听取各专项情况介绍的基础上，与专项实施管理办公室主任、技术总师等共同交流，研究提出综合平衡意见。
按照重大专项要发挥支撑引领作用，任务部署进一步聚焦重点，突破核心技术，促进产业加快发展的总体要求。综合平衡意见提出对于部分偏离专项重点，小而散的课题以及超出专项实施方案和“十二五”实施计划范围的课题不予支持；对于部分到期未验收的延续性项目暂缓立项启动；部分年度审计中发现重大问题的课题组，以及监督评估和任务验收抽查中发现问题较多的课题组不能承担新的课题。
对于部分参与单位多、考核指标不够明确的项目，综合平衡意见建议适当整合，进一步明确目标和责任，探索完善组织机制，加强监管。
会议要求各专项根据综合平衡意见尽快修改完善2014年度计划，报三部门备案，同时抓紧编制2014年度经费预算建议方案，及时报送财政部。